Segundo fontes governamentais,[3] tem uma extensão de 2 830 km e uma declividade média de 8,8 cm/km. A média das vazões na foz é de 2 943 m³/s, e a velocidade média de sua corrente é de 0,8 m/s (entre Pirapora, Minas Gerais e Juazeiro, Bahia).
O rio São Francisco banha cinco estados, recebendo água de 90 afluentes pela margem direita e 78 afluentes pela margem esquerda, num total de 168 afluentes, sendo 99 deles perenes. É um rio de grande importância econômica, social e cultural para os estados que atravessa. Folcloricamente, é citado em várias canções e há muitas lendas em torno das carrancas (entidades do mal) que até hoje persistem. Os trechos navegáveis estão no seu médio e baixo cursos. O maior deles, entre Pirapora e Juazeiro - Petrolina, com 1 371 km de extensão, pode ser analisado em três subpartes, devido a algumas características distintas de seus percursos. O primeiro subtrecho, que se estende de Pirapora até a extremidade superior do reservatório de Sobradinho, próximo à cidade de Xique-Xique, tem 1.074 km de extensão. No médio São Francisco, a navegação é exercida pela FRANAVE, com frota de comboios adequada às atuais condições da via.
As principais mercadorias transportadas são cimento, sal, açúcar, arroz, soja, manufaturas, madeira e principalmente gipsita. No baixo e médio São Francisco, promove-se o transporte de turistas em embarcações equipadas com caldeiras a lenha. Atualmente o rio São Francisco está sendo transposto. O que está dividindo opiniões entre brasileiros que vivem nos estados banhados pelo rio.
